另一种可能造成石材病变的水斑，则有可能造成石材具体的伤害，其成因与石材以湿式工法湿式加强工法安装时的不当施作有关，其原因如下:硅酸盐水泥是石材湿式安装最常用的粘结材料，含有大量的氧化钙、氧化铝及氧化铁，其中氧化钙约占水泥产物总量的20%，它可溶于水，在湿式安装粘结石材时，则强碱性的氧化钙会残留在石材背填的砂浆中，若石材安装于靠近水源之处或是施作水泥沙浆水灰比过高，过量的水将氢氧化钙溶离出来，因毛细原理渗透到石材表面，随后再与空气中的二氧化碳反应形成碳酸钙，此时，由于碳酸钙易潮解而吸附大量的强晶水，将造成石材表面湿润含水，使得石材表面整体或部份产生暗沉的现象。
一般而言，石材表面若无施作防护剂，发生前述之施作不当所造成的水斑现象是全面性的，即水斑会均匀分布在石材的所有表面。若防护剂品质不佳或不按照正确的施作方法施作石材防护工程，安装后所造成水斑现象是不均匀的分布，碱性水份会从防护品质较差处渗透上来，而造成局部的水斑现象（我们在发生水斑的石材表面测其表面的pH值，发现pH值可达13以上，为较强的碱性）。上述因工法不良所致之水斑除了不美观外，长期处于强碱的环境下之石材有可能发生石结构质的损坏，尤其对二氧化硅含量较高的花岗石，破坏性更大，严重时会造成结晶颗粒的剥落。
由于造成水斑的因素，是因为背填水泥沙浆中的氢氧化钙或其它碱性金属离子被多余水分溶解后，渗入石材内部并逐步渗出石材表面，进一步与空气中二氧化碳、水气反应形成含易潮解的碳酸钙或碳酸盐（该种盐类会自空气中持续吸收水分而生成其结晶水），而使石材表面湿润含水的现象。因此，避免水分渗透至石材内部及表面即可避免水斑的发生，其预防措施可朝两个方向思考：一、对石材进行防水处理，防止水分进入石板；二、在背填水泥浆中进行减水或防水，以防水份渗出而进入石板。
以下即依上述二大方向说明实际防止水斑病变之可行方法：
一、石材防护以防止发生石材碱性水斑的方法
（1）使用正面型防护剂进行正面防护措施，使由背填砂浆中所透入石材的碱性水分，被阻挡在防护之渗透层之下，让上渗的碱性水分不会透出可见的石材层面，本方法之优点为仅施作正面防护，使用之物料及人工成本较低，但其缺点为：若正面防护因工法及药剂量使用失当造成施作失败状态，则不易补救（当防护施作失败后出现之水斑，不易处理且呈局部分布状态，极不美观）。
（2）石材六面的防护方式，其作法是在的底面及四周施作背面型防护剂，并在正面施作正面防护，其优点为石材被完善防护，防护失败的机会不大；缺点为工料成本较高。
（3）石材在安装前应施作防护剂。防护剂的品质及施作方法影响防护效果甚大，因此要慎选防护剂及使用正确施作方法。
二、背填水泥砂浆防水及减水的方法
（1）水泥砂浆在调配时，使用低水灰比或添加减水剂。来降低混凝土拌合水量，促使水泥水化后无多余水分。
（2）在水泥砂浆中加入防水剂。可避免金属离子被大量水分溶解渗出石材表面，形成水斑。
（3）选用无污染之骨材，应避免含钙、镁、钠等离子较多的海砂，及避免使用矿物质较多的地下水为拌合水，减少金属离子的来源，降低水斑发生的机率。
